В последние годы благодаря фотографиям, сделанным космическим телескопом "Хаббл", получена возможность составить первую грубую карту сильно отражающей свет поверхности Плутона. Вследствие разницы в блеске на ней видны более светлые и более тёмные области. Полагают, что области, хорошо отражающие свет, в основном состоят из метана и твёрдого азота с вкраплениями молекул других веществ, в том числе окиси углерода, который составляет примерно 1%. Тем не менее иногда кажется, что метан образует гомогенные пятна, сильно отличающиеся от предшествующих., возникающеё при более высокой в сравнение с окружающими зонами температуре.

Что касается внутренней структуры планеты, предложено две модели. Первая предполагает, что под поверхностным слоем находится приблизительно 230-км ледяной слой. В центре - ядро из силикатных горных пород. По второй модели слой льда составляет приблизительно 250 км, но его от ядра отделяет ещё один примерно 100-км слой органических веществ.